Ambiente natural impactado: El megaproyecto atraviesa más de 20 sitios de especial protección por su valor ambiental, tales como: las Áreas Protegidas del Cañón del Usumacinta (Chiapas); el Área de protección de flora y fauna Yum Balam (Quintana Roo); los Manglares de Nichupté y Uaymil (Quintana Roo); las Reservas de la Biosfera de Sian Ka’an (Quintana Roo); la Reserva de la Biósfera de Los Petenes y Calakmul (Campeche) reconocida esta la última como Patrimonio Mixto de la Humanidad; el Santuario del Manatí (Quintana Roo); Reserva Estatal del Anillo Geohidrológico de Cenotes (Yucatán); Reserva Cuxtal (Mérida, Yucatán). También están en riesgo más de 25 mil monumentos y vestigios arqueológicos que ya se han encontrado en el trazo de la ruta de más de 1,500 kilómetros mientras que se estima que solo en el tramo 1 hay más de 1,773 sitios arqueológicos.
